في السويعات الاخيرة من القتال، الذي استغرق أكثر من نصف نهار العاشر من محرم، كان الحسين قد أثخن بالجراح وأدركه الإعياء والعطش، ففقد القدرة على الحركة. لكنه بقي واقفا على رجليه يقاوم السقوط. فأخذ بعضهم يرشقه من بعيد بالسهام والحجارة فتهاوى على الصعيد. وبقي مكباً على وجهه مدة طويلة قدرها الرواة بثلاث ساعات والجيش يتحاشى الدنو منه. وبعد جدال وتردد اندفع بعض الافراد نحوه فأجهزوا عليه وقطعوا رأسه. وكان في أواخر خمسيناته. وقد حمل الرأس ومعه بقية القتلى على الرماح، وتوجهوا بها الى الكوفة بصحبة السبايا من النساء والاطفال. وتركت الجثث غير مدفونه بعد ان شوهت تحت حوافر الخيل. وبعد ثلاثة أيام من رحيل الجيش وصلت جماعة من بني أسد المقيمين قرب كربلا فدفنوا الجثث. وقد اقيمت بعد سقوط الأمويين مراقد على قبور القتلى لا تزال شاخصة وسط مدينة كربلا الحديثة بعد أن جددت عدة مرات وصفحت مآذنها وقبابها بالذهب. أما رأس الحسين فنقل مع رؤوس أصحابه إلى دمشق ليعرض على الخليفة الأموي. وتختلف الروايات في مصيره بعد ذلك. بعضها يقول أنه أعيد إلى كربلا ودفن مع الجسد وهو القول المقبول عند الشيعة. وبعضها أنه دفن في دمشق، وفي طرف من الجامع الأموي تقوم اليوم قبه صغيرة يقال أن رأس الحسين مدفون فيها. وهناك رواية تفيد أن الفاطميين نقلوه الى القاهرة بعد إستيلائهم على دمشق، وإلى هذه الرواية يستند المسجد الكبير في القاهرة القديمة والمعروف بمسجد سيدنا الحسين، إذ يفترض أنه بني على القبر الذي دفن فيه الرأس .
هادي العلوي