عندما قامت ثورة القاهرة الثانية ضد الفرنسيين والتي كانت بولاق مركزا لها، نصب كليبر مدافعه على قمة جبل المقطم وشرع بقصف الحي حتى جعله أثرا بعد عين، وهكذا تمكن من القضاء على الثورة، واستمر في استفزاز مشاعر المصريين مما دفع سليمان الحلبي وهو طالب سوري أزهري إلى اغتياله، ودفن في حديقة قصره بالقاهرة، ثم حملت جثته عند خروج الجيش لبفرنسي من مصر ليدفن في فرنسا كما ذكر في وصيته
667