قد قام السلطان قايتباي بترميم البرج الداخلي الذي ظل على حالة الخراب التي حلت به منذ أن رآه ابن بطوطة قبل قرن ونصف، وتضمنت أعمال قايتباي فرش المسجد بالفسيفساء الرخامية ، كما وضح حجرين على جانبي عقد المدخل الخاص بالبرج الداخلي عليهما كتابات خاصة به نصها عز لمولانا السلطان الملك الأشرف أبو النصر قايتباي عز نصره
608