ولم يهتم العثمانيون بإنشاء الاستحكامات في رشيد، حيث ساهمت الترسيبات التي تمت في هذه الفترة في إبعاد القلعة كثيرا عن البوغاز، فقد ذكرت المصادر أن السلطان سليم أصدر أمرا في عام (1517م) بنقل جبال الأنقاض التي كانت تهدد القاهرة وبقية مدن مصر برا ونهرا إلى مصبات النيل. وقلت الوظيفة الحربية للقلعة في حين كانت مقرا لحامية المدينة فقط. وكانوا يبيتون في الليل داخلها ويكسبون أقواتهم نهارا في مدينة رشيد.