من الصعب في كثير من الأحيان تحديد السبب من النتيجة أو العلة من المعلول، خصوصا إذا ما كان التلازم بينهما هو تلازم قائم عل الصدفة وليس تلازما سببيا. لا ترتبط النتائج غالبا وفي كثير من العلوم بعامل واحد، بل تكون حصيلة مجموعة من العوامل المتداخلة والمتفاعلة مع بعضها البعض. قد تحدث ظاهرة ما نتيجة لسبب ما في ظرف معين، وقد تحدث هذه الظاهرة نتيجة لسبب أخر يختلف عن السبب الأول في ظرف أخر. لا يمكن في حالة المنهج المقارن ضبط المتغيرات المختلفة والتحكم بها، كما هو الحال في المنهج التجريبي، وذلك بسبب تداخلها وتشابكها مع بعضها البعض، وبالتالي يصعب عزلها والسيطرة عليها، لذلك فإن المنهج المقارن لا يوصل لنفس دقة النتائج التي يمكن تحققها في حالة المنهج التجريبي على سبيل المثال